Auslandsaufenthalt Sophia Müller-Dott

Die Bio-Informatikerin Sophia Müller-Dott verbrachte im Rahmen ihrer Doktorarbeit im Forschungsnetzwerk LiSyM-Cancer (Arbeitsgruppe Julio Saez-Rodriguez) drei Monate an der Universität Kopenhagen. Im Center for Protein Research in der Gruppe von Jesper V. Olsen arbeitete sie an zwei Projekten und schätzte dabei sehr den engen Kontakt zu den Experimentatoren, wie sie im Interview berichtet.

Mit welchen Themen hast du dich im Praktikum beschäftigt?
Ich arbeitete hauptsächlich mit Phospho-Proteomik-Daten. Das Center for Protein Research (Københavns Universitet, Novo Nordisk Foundation) bietet dafür modernste Massenspektrometrie-Technologien und die Gruppe von Jesper V. Olsen beschäftigt sich mit der Methoden-Entwicklung selbst und der Analyse in verschiedenen biologischen Kontexten. Während meiner Zeit in Kopenhagen beschäftigte ich mich unter anderem mit der Vorhersage von erfolgreichen Kombinationstherapien für Brustkrebs und der Analyse von zeitaufgelösten multi-omics Daten. Dabei war das Ziel koordinierte biologische Prozesse zu identifizieren, die sich zwischen verschiedenen Stimulationen unterscheiden.

Wie kannst du die Erfahrungen in LiSyM-Cancer einbringen? Bei der zeitaufgelösten multi-omics Analyse ging es darum ein Set an Merkmalen zu identifizieren, die sich zwischen zwei bestimmten Bedingungen unterscheiden, und gleichzeitig zwischen den verschiedenen Ebenen koordiniert ablaufen. Das kann ich auch auf meine Auswertungen der Daten in der Modellierung in LiSyM-Cancer übertragen (C-TIP-HCC). Es gibt viele Herangehensweisen an solch ein Problem. Spannend war, eine bestimmte Methode einmal konkret auszuprobieren, die die verschiedenen omics Ebenen gemeinsam betrachtet, und die Analyse-Pipeline komplett durchzugehen.

Was nimmst du sonst noch mit?
Viele Kontakte zu sehr netten Menschen und die Erkenntnis, wie gut ein enger Austausch zwischen Computer Scientist zu Experimentator das gegenseitige Verständnis fördert. Außerdem war es toll, ein anderes Forschungsinstitut, eines in der Spitzenforschung, kennen zu lernen. Und natürlich ist Kopenhagen eine sehr schöne Stadt! Ich bin sehr dankbar, dass das Auslandspraktikum möglich gemacht wurde.